深圳市环境监测中心站成立于1982年，是深圳市人民政府和深圳市环境保护局依法设立的环境监测机构，是具有政府行为的社会公益性事业单位。其业务上受中国环境监测总站和广东省环境保护监测中心站指导，在全国环保系统四级监测站设置体制中属二级站。

深圳市环境监测中心站主要职责是:对深圳市的环境质量进行全面的定期监测；对本市污染源进行定期和不定期的监测；参与和承担科研课题及客户委托监测；负责全市各区环境监测站的技术指导、培训和考核；负责全市环境质量评价，编报本市环境质量报告书，为环境管理和决策提供技术支持、技术服务和技术监督。